日本新幹線和各種電車雖以高效、準時、安全著稱，但也發生過多起安全事故，甚至造成了重大傷亡。為保證事故調查的客觀公正，日本充分利用立法手段，逐漸形成了一套較為完備的調查體制。
1971年7月，日本全日空一架飛機在岩手縣上空與航空自衛隊一架飛機相撞，自衛隊員跳傘逃生，而全日空飛機上155名乘客和7名機組人員遇難。以此為教訓，日本國會在1973年10月通過了《航空事故調查委員會設置法》。根據該法，日本政府次年在運輸省內設置了航空事故調查委員會。
最初航空事故調查委員會只調查航空事故。鐵道事故仍然和一般交通事故一樣，基本上由警察進行搜查，只有出現重大事故的時候，才成立臨時調查委員會。
但是調查鐵路事故也需要調查鐵軌與車輪的摩擦、司機與調度的判斷、氣象影響等，需要專業知識並聽取專家的意見。1991年，日本滋賀縣信樂高原鐵道發生列車相撞事故，3節車廂出軌，造成42人死亡、527人受傷。2000年3月地鐵日比谷線出現因脫軌而相撞的事故後，調查鐵路事故的重要性受到重視。
為此，日本國會于2001年4月對《航空事故調查委員會設置法》進行了修改，改稱《航空和鐵道事故調查委員會設置法》。同年10月，航空事故調查委員會改組為航空和鐵道事故調查委員會。
航空和鐵道事故調查委員會屬於國土交通省的審議會，負責科學分析、現場查證、聽取有關人員的證詞，為防止事故再次發生、提高安全性而向有關機構提出建議。委員會只基於公正和中立立場進行客觀調查，不負責追究有關人員的責任。
鐵道事故包括車輛脫軌、車輛相撞、車輛火災等事故，還包括乘客和乘務員死亡、出現5人以上的死傷，以及存在重大隱患、有發生事故的危險等事態。直接承擔調查任務的是委員會事務局內的事故調查官。鐵路發生事故後，委員會會從事故調查官中指定負責人，由其負責到底。
調查官調查內容包括：要求事故有關人員彙報情況；進入事故現場和其他有必要的地點，檢查相關物件；對相關人員進行問詢；對相關物件的所有人或者保管人提出物件要求，或者暫時留存該物件；要求相關物件的所有人或者保管人保護該物件，禁止移動；禁止無關人員進入現場。
這些權限具有強制性，如果接受調查人員撒謊或者妨礙調查，將處以最高30萬日元(約合人民幣2.5萬元)以下的罰款。經過調查，委員會將提交事故調查報告書，向當局提出勸告，但報告並沒有強制力。
由於職員人數有限，委員會經常根據需要設立兼職的專門委員，要求其提供建議，輔助調查。專門委員雖然權限較小，但是可以檢查調查官帶來的物品並閱讀調查報告。國土交通大臣也會向委員會提供必要的援助。
但是，當事故涉及“業務上過失致死罪”時，警察和檢察院在沒收證據物件和對相關人員進行調查時處於優勢，航空和鐵道事故調查委員會權限受到制約。因此，部分專家提議，為了更好地防止發生事故，應該將該委員會從國土交通省獨立出來，改組為類似于美國國家運輸安全委員會(NTSB)的擁有強大權限的機構。
2007年12月，國土交通大臣和總務大臣就設置運輸安全委員會達成了協議。2008年4月，《運輸安全委員會設置法》獲得通過。10月，航空和鐵道事故調查委員會改組為國土交通省的中央直屬局運輸安全委員會。運輸安全委員會的權力得到了加強。
現在的運輸安全委員會設有事務局、總務科、廣報科(宣傳科)、會計室，在地方還設有地方事務所。委員長和委員共計12名。運輸安全委員會負責調查航空事故、鐵道事故和船舶事故以及重大隱患的原因，根據調查結果要求有關人士採取必要措施，防止事故，減輕傷害。
12名委員中，專職7人，兼職5人。委員長和委員需獲得國會兩院的同意，由國土交通大臣任命，任期3年，可連任。航空業、鐵道業、海運和港灣業人士無法擔任委員長和委員。委員屬於特別職務的公務員，不受《國家公務員法》限制。
如果委員與涉及事故的人擁有密切關係，將無法調查該事故，也無法出席有關會議。委員會可以從擁有豐富學識經驗的學者中聘用兼職的專門委員，並委託獨立行政法人和民間組織調查事故。
在嚴密的法律法規下，日本對鐵路事故的調查特別精密，而且曠日持久。比如針對2005年發生的福知山線電車脫軌事故的調查直到今天還在進行。委員會經常舉行研討會，總結調查成果。國土交通大臣也經常為此舉行記者招待會，說明調查進展。可以說，這種嚴密的調查機製成為日本交通安全的重要保障之一。(《半月談》2011年第17期/駐東京記者 藍建中)
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