ในสมัยราชวงศ์ซ่งใต้ ขุนนางคนสำคัญที่สนับสนุนนโยบายยอมจำนนกับกองทัพชนเผ่าหนี่ว์เจินได้แก่ ฉินฮุ่ย เขารับราชการเป็นขุนนางในปลายสมัยราชวงศ์ซ่งเหนือ ในปีที่กองทัพชนเผ่าหนี่ว์เจินพิชิตเมืองหลวงไคเฟิง ฉินฮุ่ยก็ถูกทหารชนเผ่าหนี่ว์เจินกวาดต้อนไปอาณาจักร จินด้วย ภายหลังได้หนีกลับมาเมืองหนานจิง กลายเป็นขุนนางที่จักรพรรดิเกาจง แห่งราชวงศ์ซ่งใต้ เชื่อถือไว้วางพระทัยที่สุด สุดท้าย ได้รับแต่งตั้งให้เป็นอัครมหาเสนาบดี
ในระหว่างที่กองทัพชนเผ่าหนี่ว์เจินรุกข้ามแม่น้ำแยงซีเกียง ทำการสู้รบกับกองทัพราชวงศ์ซ่งใต้นั้น ทางราชวงศ์ซ่งใต้มีแม่ทัพที่สามารถต่อต้านกองทัพหนี่ว์เจินโดยไม่เพลี่ยงพล้ำคนหนึ่ง ชื่อเย่ว์เฟย เขาเคยยึดหลายพื้นที่คืนจากกองทัพหนี่ว์เจิน แล้วทำการรบรุกต่อไปจนถึงบริเวณพื้นที่ใกล้เมืองไคเฟิง เมืองหลวงราชวงศ์ซ่งเหนือที่ถูกยึดไป กล่าวกันว่า เย่ว์เฟยเป็นแม่ทัพราชวงศ์ซ่งใต้เพียงคนเดียวที่ทหารหนี่ว์เจินเกรงขาม แม่ทัพชนเผ่าหนี่ว์เจินเห็นว่า เอาชนะกองทัพเย่ว์เฟยยากกว่าย้ายภูเขาเสียอีก อย่างไรก็ดี ยิ่งเย่ว์เฟยมีชื่อเสียงเกียรติคุณในหมู่ทหารและประชาชน ก็ยิ่งเป็นผลเสียแก่เย่ว์เฟยเอง เพราะจักรพรรดิเกาจงไม่ยอมให้นายทหารชั้นผู้ใหญ่คนใดมีความสำคัญขึ้นมาจนท้าทายราชบัลลังก์ได้ บวกกับเย่ว์เฟยมีนโยบายหลักที่จะสู้รบกับทหารชนเผ่าหนี่ว์เจิน จนในที่สุดทูลเชิญชินจง จักรพรรดิองค์สุดท้ายแห่งราชวงศ์ซ่งเหนือให้กลับมาครองราชย์อีก ด้วยสาเหตุนี้ จักรพรรดิเกาจงจึงทรงหวาดระแวงเย่ว์เฟยมาโดยตลอด เพราะถ้าเย่ว์เฟยพิชิตอาณาจักรจินได้จริง ตนก็คงจะไม่มีโอกาสครองราชย์อีก
ข้างฝ่ายฉินฮุ่ย ขุนนางกังฉินพยายามชักจูงพระทัยเกาจงให้ทรงเห็นว่า เย่ว์เฟยเป็นตัวการสำคัญที่ทำให้ไม่อาจเจรจาสันติภาพกับทหารหนี่ว์เจินได้ ส่วนข้างชนเผ่าหนี่ว์เจินต้องการกำจัดเย่ว์เฟยแม่ทัพผู้มีความสามารถของราชวงศ์ซ่งใต้ เพื่อสะดวกแก่การพิชิตราชวงศ์ซ่งใต้ต่อไป ด้วยเหตุนี้ ระหว่างเจรจาสงบศึกระหว่างราชวงศ์ซ่งใต้กับชนเผ่าหนี่ว์เจิน ฝ่ายชนเผ่าหนี่ว์เจินจึงขอให้ฉินฮุ่ยช่วยหาโอกาสกำจัดเย่ว์เฟย ฉินฮุ่ยก็เลยทูลจักรพรรดิเกาจงให้ออกพระราชสาส์นด่วน เพื่อเรียกตัวเย่ว์เฟยที่กำลังสู้รบกับทหารชนเผ่าหนี่ว์เจินกลับมาเมืองหลวงด่วน เมื่อเย่ว์เฟยเดินทางกลับมาถึงเมืองหลวงหังโจว ก็ถูกจับเข้าคุก โดยถูกตั้งข้อหาอันเป็นเท็จ
ต่อมา จักรพรรดิเกาจงได้ทำสัญญาสงบศึกกับชนเผ่าหนี่ว์เจิน โดยยินยอมสวามิภักดิ์ต่ออาณาจักรจิน ส่งเครื่องบรรณาการเป็นเงิน ผ้าไหม ผ้าแพรจำนวนมาก และยกดินแดนทางด้านตะวันตกของมณฑลส่านซีจนถึงด้านตะวันออกของแม่น้ำหวายเหอให้แก่ชนเผ่าหนี่ว์เจิน ทำให้ดินแดนภาคเหนือทั้งหมดหลุดมือไปจากราชวงศ์ซ่งใต้โดยสิ้นเชิง ทำให้อาณาจักรราชวงศ์ซ่งใต้มีเนื้อที่เพียงประมาณสองในสามของอาณาจักรที่ราชวงศ์ซ่งเหนือเคยปกครองเท่านั้น
แต่เนื้อที่ของอาณาจักรที่น้อยลงไปนั้นไม่ได้ส่งผลกระทบมากต่อการพัฒนาเศรษฐกิจของราชวงศ์ซ่งใต้ ที่เห็นได้เด่นชัดที่สุดก็ได้แก่ เกษตรกรรม จากการนำพันธุ์ข้าวจากกว่างซีมาปลูก ทำให้ผลิตผลธัญญาหารเพิ่มขึ้นถึงเท่าตัว ไร่ชาก็มีปริมาณสูงขึ้นมากเช่นเดียวกับไร่ฝ้าย ผลิตผลเกษตรกรรมที่เพิ่มขึ้นมากนี้ สามารถตอบสนองความต้องการทั้งจากจำนวนประชากรที่เพิ่มขึ้น และผู้ลี้ภัยจำนวนมากที่มาจากทางภาคเหนือ
ลักษณะสำคัญที่สุดของเศรษฐกิจสมัยราชวงศ์ซ่งใต้อยู่ที่การค้าทั้งภายในประเทศและต่างประเทศ การค้ากับต่างประเทศนั้นเพิ่มขึ้นอย่างใหญ่หลวง ในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ พ่อค้าราชวงศ์ซ่งใต้ได้แข่งขันกับชาวอาหรับและเปอร์เซีย การค้าทางทะเลนี้เกิดขึ้นหลังเส้นทางสายไหมทางบกถูกสองอาณาจักรที่เข้มแข็ง ได้แก่ อาณาจักรซีเซี่ยและอาณาจักรจินควบคุม พ่อค้าราชวงศ์ซ่งใต้จึงจำเป็นต้องค้าขายกับต่างชาติทางทะเล แทนเส้นทางสายไหมทางบกที่เคยรุ่งเรืองมากในสมัยราชวงศ์ถัง ผลที่ควบคู่กันไปก็ได้แก่พ่อค้าทางทะเลมีจำนวนเพิ่มขึ้นอย่างมาก และเมืองชายฝั่งทะเลต่างๆ มีความสำคัญเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ การค้าที่เติบโตขยายตัวอย่างรวดเร็วนั้นทำให้รายได้จากภาษีการค้าของรัฐบาลสูงขึ้นเป็นประวัติการณ์
การเติบโตขยายตัวของการค้ายังเห็นได้จากปริมาณการผลิตที่เพิ่มขึ้นของงานประเภทช่างฝีมือและหัตถกรรม โดยเฉพาะเครื่องถ้วยชามกระเบื้อง ซึ่งกลายมาเป็นสินค้าส่งออกชั้นนำ ศูนย์กลางของเมืองชายฝั่งทะเลต่างๆ ก็ขยายตัวอย่างรวดเร็ว โดยเฉพาะอย่างยิ่ง เมืองหลวงหังโจวที่มีพลเมืองถึงกว่าหนึ่งล้านคนได้พัฒนาเป็นเมืองที่สวยงามที่สุดแห่งหนึ่งในโลก
เมื่อค.ศ. 1233 กองทัพชนเผ่ามองโกลร่วมมือกับราชวงศ์ซ่งใต้ เข้ายึดเมืองไคเฟิง เมืองหลวงของอาณาจักรจิน อาณาจักรจินจึงถึงกาลอวสาน ซึ่งเมื่อหลายสิบปีก่อนหน้านั้น ราชวงศ์ซ่งเคยเป็นพันธมิตรกับกองทัพชนเผ่าจินในการสู้รบกับชนเผ่าชี่ตัน แต่ผลสุดท้ายก็คือ ภายหลังพิชิตชนเผ่าชี่ตันได้แล้ว ชนเผ่าหนี่ว์เจินก็ยกทัพมาพิชิตราชวงศ์ซ่งเหนือเสีย ครั้งนี้ก็เช่นกัน ภายหลังกองทัพมองโกลพิชิตอาณาจักรจินเรียบร้อยแล้ว ก็บุกลงไปทางภาคใต้ เพื่อพิชิตราชวงศ์ซ่งใต้ต่อไป จักรพรรดิซ่งใต้ไม่คิดสู้กับกองทัพชนเผ่ามองโกล จึงพยายามเจรจาสงบศึก หลังจากนั้นเป็นเวลากว่า 40 ปี ชนเผ่ามองโกลได้ยกทัพมาโจมตีราชวงศ์ซ่งใต้อีกหลายครั้ง จนกระทั่งถึงปี 1276 กองทัพชนเผ่ามองโกลได้พิชิตเมืองหังโจว เมืองหลวงของราชวงศ์ซ่งใต้ได้ บรรดาขุนนางที่ยังคงจงรักภักดีต่อราชวงศ์ซ่งใต้พร้อมด้วยแม่ทัพเรือพากันหลบหนีจากเมืองหังโจว เพื่อสมทบกำลังที่เมืองฝูโจว มณฑลฝูเจี้ยน ทางภาคใต้ของจีน แต่ราชวงศ์ซ่งใต้ถึงคราวดับสูญเสียแล้ว กองทัพเรือของราชวงศ์ซ่งต้องซุ่มซ่อนตามชายฝั่งทะเลทางภาคใต้ของจีน เพื่อหลบหลีกกองทัพเรือของชนเผ่ามองโกล แต่ในที่สุด ก็ถูกล้อมจนมุมที่อ่าวแห่งหนึ่ง ลู่ซิ่วฟู เสนาบดีราชวงศ์ซ่งใต้ ผู้อุทิศชีวิตในการเลี้ยงดูและปกป้องจักรพรรดิองค์สุดท้าย ซึ่งขณะนั้นมีพระชนมายุเพียง 8 พรรษา แบกองค์จักรพรรดิไว้บนหลัง แล้วกระโดดลงไปในทะเล ราชวงศ์ซ่งใต้เป็นอันดับสูญโดยสิ้นเชิง
ราชวงศ์หยวนของชนเผ่ามองโกลเลือกปักกิ่งเป็นเมืองหลวง ตลอดเวลาที่ราชวงศ์หยวนครองอาณาจักร มีจักรพรรดิทั้งหมด 11 พระองค์ นอกจากจักรพรรดิองค์แรกและองค์สุดท้ายครองราชย์เป็นเวลานานองค์ละ 35 ปี จักรพรรดิองค์อื่นรวมเวลาครองราชย์ทั้งหมดแล้วมีเพียง 39 ปีเท่านั้น คิดเฉลี่ยแล้วองค์หนึ่งครองราชย์เป็นเวลาเพียง 4 ปี กล่าวโดยสรุปได้ว่า หลังจักรพรรดิองค์แรกสิ้นพระชนม์แล้ว จักรพรรดิองค์ที่สองยังสามารถรักษาผลงานของจักรพรรดิองค์แรกไว้ได้ แต่ภายหลังจักรพรรดิองค์ที่สองสิ้นพระชนม์ ก็เกิดการสู้รบชิงราชบัลลังก์กันเป็นเวลาถึง 25 ปี ในช่วงเวลาดังกล่าว จักรพรรดิมักใฝ่หาแต่ความสำเริงสำราญ ความหรูหราฟุ้งเฟ้อในราชสำนัก งบประมาณที่ใช้จ่ายในการทำสงครามก็ทำให้ท้องพระคลังขาดดุลไปมาก ยิ่งในราชสำนักของจักรพรรดิองค์หลัง ยิ่งสิ้นเปลืองงบประมาณมาก จึงหาทางออกด้วยการพิมพ์ธนบัตรเพิ่ม ทำให้เกิดปัญหาเงินเฟ้อที่นับวันรุนแรงขึ้น
เมื่อค.ศ. 1344 เกิดอุทกภัยร้ายแรงบริเวณลุ่มแม่น้ำเหลือง ระดับน้ำสูงกว่าฝั่ง เขื่อนพังถล่ม ราชสำนักแห่งราชวงศ์หยวนใช้ทหาร 20,000 นายเข้าบังคับเกณฑ์แรงงานกว่าหนึ่งแสนคน เพื่อซ่อมเขื่อนที่พังถล่มดังกล่าว ยังผลให้เกิดความเดือดร้อนมากขึ้นแก่เกษตรกรที่อดอยากยากจนอยู่แล้ว ระหว่างนั้น เกิดข่าวลือแพร่สะพัดทั่วไปว่า มนุษย์หินตาเดียวจะมาปลุกระดมให้เกษตรกรทั้งหลายก่อการกบฏต่อราชวงศ์หยวน ต่อมา ก็มีชายสองคนที่ถูกเกณฑ์แรงงานขุดดินพบมนุษย์หินตาเดียวขึ้น ข่าวลือที่เป็นการปลุกระดมเกษตรกรให้จับอาวุธลุกฮือขึ้นต่อต้านราชวงศ์หยวนจึงแพร่หลายลุกลามไปอย่างรวดเร็ว