【項目介紹】 測序數據中遺傳變異信息快速識別方法、器件及其應用

2018-08-24 18:35:11|來源:中央廣電總臺國際在線|編輯:李妍|責編:趙瀅溪

  本項目開發基於邏輯電路的DNA序列比對器件,構建異構計算環境,實現高通量測序數據的快速比對功能。具體地,利用FPGA中的專用計算單元,構建專用邏輯電路,設計並實現並行的序列比對,利用哈希索引演算法實現種子序列定位演算法,通過USB介面和PCIE介面同計算機進行高速通訊,實現高速的序列比對,生成標準格式的BAM文件。

  該器件能夠實現低成本、低功耗、高效率的序列比對,大大加快比對速度。普通計算機通過使用本器件,能形成異構計算體系,進而實現傳統上需要伺服器才能實現的序列比對功能。多態性位點檢測、基因變異研究等眾多領域的應用,能通過使用本器件提升數據分析性能,可廣泛用於大規模測序數據的比對分析,從而替代高性能計算機在生物數據分析中的應用。

  本項目還將建立分子特徵的快速識別方案和軟體系統,從DNA測試數據中識別遺傳信息變異、差異表達基因、表觀遺傳學變化等,快速準確識別常見及罕見遺傳差異,確認遺傳差異位點的功能。通過同時使用比對器件和遺傳差異位點識別方案,構建基於雲平臺的專業化生物醫學數據分析。

  本項目涉及的産品和服務將主要針對快速的疾病基因檢測和診斷。(來源:陜西省科技協會)

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