社科類學術社團，作為服務黨和政府科學決策的社會智庫，是中國特色新型智庫的重要組成部分。南京市社科聯堅持為社會服務的方針，加強完善對社團的指導，全市社科類社團在增強價值引領力、提升文化凝聚力、彰顯精神推動力等方面凸顯出越來越大的作用。 

　　社團組織健康發展。目前，南京市已成立區級社科聯8家和1家青年社科聯，金陵科技學院成立了首家市屬高校社科聯。全市社科類學術社團79家，涵蓋哲學社會科學各研究領域，其中經濟類社團24家、政法類17家、社會類9家、文化歷史類22家、教育類7家，會員超過8萬人。近年來，各社團著力加強應用課題研究，每年完成800多項研究成果，探索建設“強富美高”新南京的現實路徑。其中，檢察官協會2人被授予“全國檢察業務專家”稱號；審計學會《實現國家善治的國家審計制度變革研究》獲國家審計學會優秀論文獎；古都學會《南京歷代碑刻集成》獲江蘇省第十三屆哲學社會科學優秀成果二等獎，城市文化研究會《“十三五”時期江蘇文化改革發展的幾個主要問題研究》等4項課題分別獲得省應用研究精品工程一、二等獎。 

　　社團建設品牌發展。市社科聯加大資助力度，鼓勵各社團打造有高度、有熱度的特色精品，更好地服務人民、回饋社會。2015年，成立“寧鎮揚智庫聯盟”，搭建一個地區性學術研究、交流、傳播平臺；鄭和研究會成功舉辦“和平、交流、發展——鄭和與21世紀海上絲綢之路”國際論壇，鍾山文化研究會探索革命遺址遺跡的內涵挖掘與利用，侵華日軍南京大屠殺史研究會舉辦“國家公祭儀式銘記歷史、警示未來”活動，詩詞學會將中國傳統優秀價值觀融入城市血脈，古都學會、行政區劃地名協會推進“南京城墻”、南京非遺、老地名等歷史文化遺産保護，人力資源和社會保障學會圍繞社會需求制定培訓計劃、提供培訓服務，金融學會舉辦青年論壇培養後備專家，糧食經濟學會推進“放心糧油工程”，社會學學會2014年成功申請到民政部項目：《李嘉誠基金會“大愛之行——全國貧困人群社工服務及能力建設項目”》。 

　　社團管理規範發展。根據民政部推進社會組織規範化建設的要求，南京市社科聯先後制定《關於社科類學術社團管理的暫行規定》、《關於學會舉辦學術活動的管理規定》、《南京市社會組織重大事項報告的若干規定》，從制度、源頭上規範社團建設。南京市社科聯加強分類指導力度，每年分批分類舉辦社團幹部集中培訓班，年均培訓骨幹120余人。開展“年度社會科學類社會團體創新案例”評選、“年度社會科學類模範學術社團”評選、優秀會刊評選等活動，為社團營造一個寬鬆長遠與規範管理並重的發展環境。與民政部門積極配合，堅持分級管理、分類評定，加大年審審核力度。對社科類社團進行系統評估，3A級以上社團已達35家。近兩年，檢察官協會、鄭和研究會、人力資源和社會保障學會以及玄武區、六合區、浦口區社科聯被評為全國先進社科組織，檢察官協會榮獲“江蘇省哲學社會科學模範學術團體”稱號，市行政區劃地名協會等獲得“江蘇省示範性社會組織”稱號。