為了切實將河湖管理保護工作落到實處，2016年11月28日，中共中央辦公廳、國務院辦公廳聯合印發《關於全面推行河長制的意見》。如今，《意見》實施已有一年，各地均交上答卷：截至10月底，全國省級和地市級工作方案已經全部印發實施，較既定目標分別提前了5個月和2個多月；95%的區縣和92%的鄉鎮也印發實施了工作方案；省市縣鄉四級河長人數達27萬名，其中省級河長330人，全面推行河長制各項工作全面提速。
水利部作為全面推行河長制工作的牽頭部門，將全面推行河長製作為水利工作的重中之重，作為深化水利改革的首要任務，舉全行業之力狠抓貫徹落實。
聚焦“六大任務”
落實“四個到位”
“工作方案到位、組織體系和責任落實到位、相關制度和政策措施到位、監督檢查和考核評估到位”，在2016年12月水利部與環境保護部制定的實施方案中，“四個到位”被視為2018年底前全面建立省市縣鄉四級河長制體系的標誌。
為了強化部門聯動，水利部第一時間成立領導小組，組織召開水利部、發展改革委、環境保護部等十部委視頻會議，建立十部委部際聯席會議制度。同時制定印發《關於加強全面推行河長制工作制度建設的通知》，明確要求各地出臺河長會議、信息共享、信息報送、工作督察、考核問責與激勵、驗收等6項制度。
《關於全面推行河長制的意見》將加強水資源保護、水域岸線管理保護、水污染防治、水環境治理、水生態修復和執法監管作為六大主要任務。我國地域廣闊，各地河（湖）存在的問題不同，需“因河制宜”，使工作有的放矢。為此，水利部按照六大任務，在各地推行“一河一策”，並加強相關培訓交流，建立管理信息系統。
全面推行河長制，也離不開嚴格的考核機制。因此，水利部會同有關部門制定方案，突出強化河長制考核。此外，加強上下聯動，建立由水利部牽頭、司局包省、流域機構包片的督導檢查機制。
2017年3月和9月，水利部分別組織督導組對全國31個省（自治區、直轄市）和新疆生産建設兵團推行河長制情況進行兩次督導檢查，並以一省一單的方式，對發現的工作問題提出整改要求；從8月份開始，每月召開全國河長制工作月推進會，研究問題，明確要求。這些措施有力推動了各地全面推行河長制落地生根。
